O objetivo principal deste programa é estudar a ecologia de ambientes aquáticos costeiros continentais, especialmente as lagoas costeiras, rios e riachos, ambientes temporários como poças e áreas úmidas em geral na região norte-fluminense. O enfoque das pesquisas é voltado mais especificamente para aspectos ligados às comunidades biológicas, como as suas interações com o carbono orgânico originário da restinga, o papel das interferências antrópicas, por exemplo a eutrofização artificial induzido pelo lançamento de esgotos, as aberturas de barra das lagoas, como também outros aspectos decorrentes destes ou devido a variações naturais como a salinidade.
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